1774-1805: Μετά την μεγάλη καταστροφή σημαντικοί παράγοντες που επηρεάζουν την οικονομία της πόλης και της περιοχής είναι οι εξής:

Η πτώση των Βενετικών κτήσεων στους Οθωμανούς (1797)
Ο Aγγλο-γαλλικός ανταγωνισμός στις θάλασσες μέχρι την πτώση του Ναπολέοντα (1814)
Ο Αλή-Πασάς παίρνει υπό την κυριαρχία του το Σαντζάκι του Κάρλελι επομένως και το Μεσολόγγι (έναν από τους 6 καζάδες της περιοχής) και εφαρμόζει αρπακτική πολιτική (1804)
1805-1826: Το Μεσολόγγι αναπτύσσεται σταθερά τραυματισμένο από τις καταστροφές και αντιξοότητες. Έχει 6.000 κατοίκους 350 οικογένειες (οι 40 είναι μουσουλμανικές) και πάνω από 800 οικίες. Ζει από τη ναυτιλία και το εμπόριο.