Αρχίζει περίοδος ακμής γιατί μετά την κατάληψη της Ναυπάκτου από τους Οθωμανούς (1701), οι εμπορικές δραστηριότητες του λιμανιού της περνούν στο Μεσολόγγι. Το Μεσολόγγι ανήκει στο Σαντζάκι του Κάρλελι που υπάγεται στον πασά του Εγρίπου (Χαλκίδα).